益生菌的安全性主要包括以下几个方面：

    ①应用于人类的益生菌最好来自人体；

    ②益生菌必须从健康人的肠道中分离；

    ③益生菌必须经过一定时间证明其无致病性； 

    ④益生菌不能有与一些疾病(如心内膜炎、肠道不适症)相联系的历史；

    ⑤益生菌不能使胆盐早期解离；

    ⑥益生菌不能携带可以转移的抗抗生素基因。

    安全性是对益生菌的基本要求

    虽然目前的益生菌基本从传统发酵食品和人体微生态系中筛选，但也不可能完全保证其安全性，主要原因有两点：(1)致病菌和安全使用菌株之间的界限并不清晰。(2) 某些菌株在遗传上不稳定，基因易发生改变。据报道，极少的几例乳酸菌从受感染的组织中分离出来。其中一例鼠李糖乳杆菌被认为引起了中年男性的心内膜炎。可是实验证明LGG鼠李糖乳杆菌不会引起感染。说明尽管益生菌产品被大量安全消费了好多年，偶然的严重感染，尤其是对于免疫力低下的病人，还是可能发生。但是这种感染只发生在免疫力较低的人身上，而且发生的几率少之又少。还有一些重症胰腺炎患者食用某些益生菌导致肠道局部缺血。乳杆菌天生显示出广泛的抗生素抗性，如万古霉素，但在多数情况下这种抗生素抗性不属于可传递型。具有非传递型抗生素抗性的乳杆菌通常不需为安全性的考虑。

    出于对安全性的考虑，许多益生菌的安全性评价系统被建立起来。

    益生菌的安全性评价可以有以下途径：

    对益生菌株固有特性的研究；

    对益生菌株的药物代谢研究；

    对益生菌株和宿主之间相互作用的研究。